Edinilen bilgiye göre, genç doktor Ülker enfeksiyon tedavisi gördüğü sırada beynine pıhtı attı. Trabzon'daki müdahalelerin ardından ailesinin isteğiyle Kocaeli Şehir Hastanesi'ne sevk edilen Ülker, burada yapılan tüm müdahalelere rağmen kurtarılamadı.
Genç yaşta yaşamını yitiren Ülker'in vefatı, meslektaşları ve Sürmene'de görev yaptığı dönemde tanıyanları arasında büyük üzüntüye neden oldu.
Cüneyt Ülker'in cenazesi 15 Mart günü Kocaeli'nin Körfez ilçesinde toprağa verilecek. Cenaze namazı, Fatih Mahallesi'ndeki Mimar Sinan Camii'nde öğle namazının ardından kılınacak ve ardından Körfez Mezarlığı'nda defnedilecek.