Kudüs'ün tarihinde önemli bir yeri olan Osmanlı dönemi, 1516'da başlamış ve 1917'ye kadar devam etmiştir.
İsrail ve Filistin'in tam ortasında yer alan Kudüs şehri, içinde bulundurduğu kutsal mekanlarla da oldukça önemli bir şehirdir. Mescid-i Aksa, Ağlama Duvarı, Kubbet-Us-Sahra gibi dini açıdan büyük önemi olan yapılara ev sahipliği yapan Kudüs'te günümüzde 800 bin civarı nüfusun olduğu bilinmektedir.
İsrail ve Filistin'in tam ortasında yer alan Kudüs şehri, içinde bulundurduğu kutsal mekanlarla da oldukça önemli bir şehirdir. İsrail 1967 yılındaki Altı Gün Savaşı esnasında Doğu Kudüs'ü ele geçirip sonrasında işgal etti. Günümüzde İsrail'in temel kanunları, Kudüs'ü İsrail'in "bölünmez başkenti" olarak kabul eder. Ancak uluslararası toplumlar bu durumu kabul etmemektedir.
Yavuz Sultan Selim, Mercidâbık'ta Memlükler'e karşı kazanılan zaferden sonra Halep, Hama, Şam üzerinden güneye doğru ilerleyerek 4 Zilhicce 922'de (29 Aralık 1516) İdrîs-i Bitlisî'nin de aralarında bulunduğu devletin bir kısım ileri gelenleriyle ve askerle birlikte Kudüs'e geldi. Ancak Kudüs, padişahın gelişinden önce muhtemelen Ekim 1516'da Osmanlı yönetimine girmişti (Ercan, s. 10). Bu tarihte başlayan Kudüs'teki Osmanlı yönetimi, 1831-1840 yıllarında gerçekleşen Kavalalı Mehmed Ali Paşa dönemi hariç Aralık 1917'ye kadar yaklaşık dört asır devam etti. Kudüs, Osmanlı yönetimi altında hep sancak statüsünde kalmakla birlikte bağlı bulunduğu merkez zamanla değişti. 1516-1831 yılları arasında Şam eyaleti, 1841-1865 yılları arasında Sayda eyaleti ve bu son tarihte Sayda ve Şam eyaletlerinin birleştirilmesiyle oluşturulan Suriye vilâyeti içinde yer aldı. 1872-1917 döneminde ise müstakil mutasarrıflık statüsü verilerek doğrudan merkezî hükümete bağlandı. Malî açıdan önce Halep, 1860'ların ikinci yarısından itibaren Şam defterdarlığına bağlanmıştır.
Osmanlı Devleti, Kudüs'ü birçok yönden derinden etkileyecek olan bu gelişmelere karşı bir taraftan Avrupa'nın müdahalelerini sınırlandırmaya, diğer taraftan da Kudüs şehrini modernleştirmeye çalıştı. 1863'te Kudüs Belediyesi teşekkül etti, sancak yönetimini düzenlemek üzere bir idare meclisi kuruldu. Kudüs Belediyesi şehrin temizliği, kanalizasyon sistemi, aydınlatılması, sokakların tanzimi ve ağaçlandırılması gibi alanlarda önemli hizmetler verdi ve 1891'de belediye hastahanesini hizmete açtı. 1886'da Kudüs polis gücü oluşturuldu. 1900'de Yafa Kapısı'nın yakınına bir sebil, kapının üzerine de saat kulesi inşa edildi. Müze ile Türkçe, Arapça ve Fransızca oyunların sergilendiği tiyatro da diğer kültürel yatırımlardandır.
Siyasî alanda son dönemin en önemli problemi yasa dışı yahudi göçü idi. Osmanlı Devleti, yahudi göçünü ve yahudilere toprak satışını engelleme girişimleri çerçevesinde birçok tedbir almasına rağmen mahallî ve milletlerarası kaynaklı sebeplerden dolayı tam anlamıyla başarılı olamadı. Özellikle II. Abdülhamid döneminde siyonizm ve Filistin'e yahudi göçüne karşı yoğun çabalar sarfedildi. I. Dünya Savaşı'nın sonunda Osmanlı Devleti'nin yenilmesiyle Kudüs'ün geleceği de köklü değişikliklere mâruz kaldı.
XIX. yüzyılda Kudüs'ün nüfusuna dair kaynaklar çoğalmaktadır. Osmanlı kaynaklarına göre 1849'da şehirde 6184 müslüman, 3744 hıristiyan ve 1790 yahudi olmak üzere 11.682 kişi yaşıyordu. 1850'den itibaren nüfusta giderek artış görüldü. 1870'te toplam nüfus 20.000, 1880'de 30.000 ve 1890'da 40.000 seviyelerine ulaştı. Bu son yıllarda şehirdeki yahudi nüfus sayısı oldukça arttı ve en kalabalık grup haline geldi. 1900'de 10.000 müslüman, 10.000 hıristiyan ve 35.000 yahudi olmak üzere toplam nüfus 55.000'i buldu. Osmanlı ve Avrupa kaynaklı nüfus rakamları arasında en önemli fark Avrupa kaynaklarında mübalağalı verilen yahudilerin sayısında ortaya çıkmaktadır. Bu farkın bir diğer sebebi de Osmanlı kaynaklarının Osmanlı vatandaşlarını esas alması dolayısıyla Kudüs'teki yabancı uyruklu ve yasadışı olarak orada bulunan yahudileri içermemesidir. Bazan da yahudi nüfusunun kasten abartıldığı görülmektedir. Siyonist teşkilât görevlisi Arthur Ruppin'in 1914 yılı yahudi nüfusunu 45.000 göstermesi bunun açık örneğidir. Aynı yıllara ait Osmanlı nüfus istatistikleri 18.190 yahudi kaydetmektedir.
Ticarî ve ekonomik açıdan Kudüs fazla gelir kaynağına sahip değildi. Şehrin civarındaki tarım arazileri yetersiz ve sanayinin gelişmesi için gerekli miktarda ham maddeden mahrumdu. Ticarî açıdan da önemli ticaret yollarının dışında kalıyordu. Bütün bu olumsuzluklara karşı en önemli gelirleri dinî statüsünden kaynaklanmaktaydı. Hacıların ve turistlerin ziyaretleri el sanatlarına ve ticarete bir canlılık kazandırmaktaydı.
Osmanlı dönemi Kudüs'ünde tekstil ve boyacılık, dericilik, sabunculuk ve metal atölyeciliği dallarında sanayi üretimi dikkat çekmektedir. İthalât ve ihracat açısından bakıldığında sabun Mısır'a, tahıl Mısır, Rodos ve Dubrovnik'e ihraç edilirken Mısır'dan pirinç, Şam'dan elbise ve kahve, İstanbul, Irak ve Çin'den bazı tekstil ürünleriyle halı ithal edilirdi. Kudüs gelirleri arasında vergilerin yanı sıra üç kutsal din mensuplarının bölgeye yaptıkları düzenli ziyaretler sırasında yapılan satışlar ve özellikle hediyelik eşya üretiminden elde edilen gelirler de zikredilebilir. Alman seyyahı Seetzen, 1806'da Kudüs'te faaliyet gösteren esnaf ve tüccar sayısının en az 700 olduğunu belirtmektedir (Reisen durch Syrien, II, 21-23). Kudüs'ün en önemli gelir kaynağı ise İstanbul ve Mısır'dan gönderilen surrelerdir. Dışarıdaki yahudilerin Kudüs'teki dindaşlarına bir nevi zekât gibi gönderdikleri paralarla Avrupa krallıklarının hıristiyanlara yaptıkları malî destekler de Kudüs için önemli gelir kaynaklarındandı.
Kudüs, 1850'lerden itibaren belirgin bir şekilde gelişmeye ve şehrin nüfusu artmaya başladı. İnşaat sektöründe önemli gelişmeler oldu ve işsizlik azaldı. Daha önce ciddi bir gelir kaynağı oluşturan sabun üretimi XIX. yüzyılın ikinci yarısında geriledi. Bu dönemde Kudüs'te satılan hediyelik eşyaların üretimi de Beytülahm'de yapılmaya başlandı. Osmanlılar'ın son döneminde Kudüs'e gelen yahudi sayısındaki artış şehrin ekonomik yapısını fazla değiştirmedi.
XIX. yüzyılın ikinci yarısında ulaşım sisteminde belirgin bir iyileşme gerçekleşti. 1865'te Kudüs telgraf sistemine kavuştu. 1868'de Kudüs-Yafa karayolu ve 1892'de Kudüs-Yafa demiryolu hizmete açıldı. Bu gelişmeler Kudüs'ün dış dünya ile ilişkilerinin gelişmesine, ziyaretçi sayısının artmasına ve ekonomik açıdan gelişmesine önemli katkı sağladı.
XVIII. yüzyıldan itibaren Kudüs medreseleri ve kültür hayatı gerilemeye başladı. Bunun en önemli sebebi medreseleri ve kültürel hayatı canlı tutan vakıfların zayıflamasıdır. Kudüs'teki eğitim kurumlarını ve dinî-kültürel hayatı canlı tutan vakıflar sadece Kudüs ve civarında değil Anadolu, Mısır ve Suriye'de de bulunmaktaydı. Medreselerden başka bir çeşit eğitim kurumu sayılabilecek hankahlar, ribâtlar ve zâviyeler de vardı. Bütün bu kurumlarda dinî eğitim hâkimdi. XIX. yüzyılın ikinci yarısında modern devlet okullarının yanı sıra misyoner okullarının da hızla arttığı görülmektedir.
Kudüs'ün eğitim ve kültürel hayatının en önemli kurumlarından biri de kütüphanelerdi. Bunların en eskisi Mescid-i Aksâ Kütüphanesi idi. Burada bulunan kitapların çoğu Haçlılar tarafından yakılmıştır. Bu kütüphanenin kitapları genel olarak Kur'an ve Kudüs üzerine yazılanlardan oluşmaktaydı. Ayrıca Eşrefiyye ve Kadiriyye gibi büyük medreselerin kendi kütüphaneleri mevcuttu. Memlük ve Osmanlı sultanlarının Mescid-i Aksâ'ya hediye mushaf göndermeleri âdettendi (Kudüs Şer'iyye Sicilleri, nr. 44, s. 500). Kudüs şer'iyye sicilleri şehrin özel kütüphaneleri hakkında önemli bilgiler içermektedir. Bunlardan birkaçı şöyle sıralanabilir: Muhammed İbn Büdeyr (a.g.e., nr. 272, s. 147), Hasan el-Hüseynî (a.g.e., nr. 267, s. 156-162), Beşîr el-Hâlidî (a.g.e., nr. 231, s. 65-66). Kudüs, tarihinin hemen her döneminde inşa faaliyetlerine sahne olmuştur. Özellikle Memlük ve Osmanlı dönemlerinde yapılan büyük binalar, camiler, medreseler, tekkeler, zâviyeler, ribâtlar ve hankahlar şehrin ekonomik hayatına önemli katkı sağlamıştır. Kanûnî Sultan Süleyman zamanında ise tarihinin altın çağını yaşamıştır. Bu dönemde Kubbetü's-sahre'de gerçekleştirilen inşa faaliyetlerinin dışında Kudüs surlarının yapımı (1536-1540), vakıflar ve günde yüzlerce fakiri doyuran Haseki Sultan İmarethânesi zikredilmelidir.
Manda Yönetimi ve Sonrası. 1917 yılı Kudüs için bir kader yılı oldu. 2 Kasım'da Balfour Deklarasyonu ile İngiltere yahudilerin bölgede siyasî bir varlık oluşturmalarını destekleyeceğini açıkladı. 11 Aralık'ta da İngiliz askerleri Kudüs'e girdi. İngiliz işgali, Kudüs'teki sadece Haçlı işgaliyle kesintiye uğrayan yaklaşık 1200 yıllık müslüman yönetimini de sona erdirdi.
Aralık 1917'den itibaren Kudüs giderek İslâmî karakterini yitirmeye başladı. Bu dönemde yerli nüfusun büyük çoğunluğunu oluşturan müslüman ve hıristiyan Araplar'ın yerine yeni gelen yahudiler yerleştirildi.
İngiliz yönetiminde Kudüs köklü demografik, ekonomik ve kültürel değişiklikler yaşadı. Şehir içinde yahudi nüfusu Arap nüfusunu geçti. Ekonomik olarak da Araplar kendi imkânlarıyla, dışarıdan yoğun maddî destek alan yahudilerle mücadele etmek zorunda kaldı. Araplar ile yahudiler arasında dengelerin tamamen altüst olmasının doğurduğu problemleri çözemeyen İngiltere, 1947'de Birleşmiş Milletler'e sunduğu Filistin'i paylaştırma planında Kudüs'e milletlerarası bir statü verilmesini önerdi. 1948 Arap-İsrail savaşında İsrail Batı Kudüs'ü işgal etti. Ürdün ise eski şehri yani Doğu Kudüs'ü ele geçirdi. Böylece Kudüs Batı ve Doğu olmak üzere ikiye bölündü. İsrail, Ocak 1950'de Birleşmiş Milletler kararlarına aykırı olarak Batı Kudüs'ü başşehir ilân etti ve parlamento ile birlikte diğer önemli hükümet birimlerini oraya taşıdı. 1948'de 60.000 Arap nüfusuna karşılık yahudi nüfusu 100.000 dolayındaydı. Bu rakam 1967'de 197.000'e yükseldi. 1967 Arap-İsrail savaşında şehrin tamamını işgal eden İsrail, bazan aşırı güç de kullanarak şehri yahudileştirme çalışmalarına hız verdi. Yeni yerleşimlerin şehri kuşatıcı şekilde planlanması ve özellikle Doğu Kudüs'te yoğunlaşarak bölgenin Arap nüfusunu geride bırakması dikkat çekiciydi. Birleşmiş Milletler'in birçok defa kınamasına ve karşı çıkmasına rağmen İsrail, Kudüs'ün Arap-İslâm karakterini zayıflatma politikalarına devam etti ve nihayet 21 Ağustos 1980'de doğusu ve batısıyla birleşik Kudüs'ün İsrail'in ebedî başşehri olduğunu ilân etti. 1987'de Araplar 475.000 kişilik Kudüs nüfusunun % 28'ini oluşturuyordu. Günümüzde nüfusu 600.000'e yaklaşmış olan (2000'li yıllara yaklaşıldığında 557.000) Kudüs şehrinin yaklaşık 4 km. uzunluğundaki surların çevrelediği eski kesiminde dar ve dolambaçlı sokakların varlığı ile dikkati çeken bir Ortaçağ şehri, bunun batısında modern cadde ve bulvarlarla farklı bir görünüş arzeden modern şehir yayılır. İsrail Devleti'nin kurulduğu yıllarda Ürdün'e ait olan eski kesimin 0,85 km2'lik yüzölçümüne karşılık yeni kesim, yani İsrail'de kalan kesim 28 km2 genişliğindeydi. Günümüzde modern kesim kuzey, batı ve güneye doğru genişlemesine devam etmiş, her iki kesimin toplam yüzölçümü 100 km2'yi biraz geçmiştir. Bugün özellikle turizm merkezi olan Kudüs'te ağır sanayi gelişmemiştir. Hafif sanayi kollarından elmas kesilmesi, mobilya yapımı, kimya ve ilâç sanayii, dokuma ve hazır giyim sanayii gelişme yolundadır.
İsrail'in Kudüs ve Filistin'de Araplar'ın haklarını kısıtlayıcı politikaları 1987'de Batı Şeria'da "intifâda"ya yol açtı. 1990'lı yıllarda da Kudüs'ün Arap/İslâmî yapısını değiştirmeye yönelik politikalara devam edildi. Tarihî mekânların yıkılması, Arap gayri menkullerine el konulması, çeşitli sebeplerle Araplar'ın şehri terketmesinin sağlanması gibi politikalar sonucu Kudüs'teki yahudi mülklerinin birkaç kat arttığı görülmektedir.
Arap ülkeleriyle İsrail arasındaki tansiyonun artması sonucu, 5 - 11 Haziran 1967 tarihleri arasında yaşanan 6 gün savaşlarının ilk gününde İsrail, Mısır'ın güçlü hava filosunu daha havalanmadan bombalayarak yok etti. İsrail Hava Kuvvetlerine ait jetler, sabah önce Akdeniz üzerinde kuzeye doğru havalanıp bir süre gittikten sonra aniden geri dönüş yaparak güneyindeki Mısır'a yöneldi. Savaş uçakları radarlara yakalanmamak için oldukça alçaktan uçtu. Mısır üzerine geldiklerinde de kollara ayrıldılar. Hedefleri hava üslerindeki Mısır uçaklarını vurmaktı ve öyle de yaptılar. Bombardıman sırasında Mısır Hava Kuvvetleri tek bir uçağını bile havalandıramadan yok oldu.
Eş zamanlı olarak İsrail, Ürdün'e yöneldi. Ürdün hakimiyetindeki Batı Şeria kentlerini birer birer aldı. Beytüllahim, El Halil, Cenin, Nablus ve son olarak da Doğu Kudüs'ü işgal etti. Beş yüz bin Filistinli, topraklarından sürülerek mülteci durumuna düştü. Aynı gün Mescid-i Aksa'ya İsrail bayrağı dikildi. Ağlama duvarının yanındaki Meğaribe mahallesindeki Müslümanların evleri bir gecede buldozerlerle İsrail ordusu tarafından yıkıldı.
Birleşmiş Milletler (BM) Güvenlik Konseyi ise "savaş yoluyla toprak elde etmenin kabul edilemezliğini" işaret eden 242 no'lu yasayı onaylayarak İsrail'in derhal işgal ettiği topraklardan çekilmesi çağrısında bulundu. Ancak günümüze kadar İsrail, BM'nin bu kararlarını uygulamadı. Birleşmiş Milletler kararlarına rağmen İsrail, halen bu toprakları elinde tutmaya devam ediyor. İsrail 1979 yılında Mısır'la yaptığı 'Camp David' barışı ile Mısır'dan aldığı toprakları Mısır'a iade etti. İsrail, 1982 yılında Kudüs'ü ebedi başkenti olarak ilan etti. Ancak hiç bir devlet şu ana kadar bunu resmi olarak tanımadı.
Öte yandan İsrail, 1967 yeşil hat sınırını bir ateşkes ve nihai sınır olmadığını gerekçe göstererek Batı Şeria ve Doğu Kudüs'e günümüze kadar 550 bin Yahudi yerleşimciyi yerleştirdi.