1 Haziran 1975 tarihinde İstanbul'da doğdu. Selanik göçmeni olan Üner, ilköğrenimini Muratbey'de, orta öğrenimini Çatalca Ortaokulunda, lise öğrenimini ise Çatalca Endüstri Meslek Lisesi Elektrik Bölümünde tamamladı. Üniversiteyi Uluslararası Amerikan Üniversitesi Mimarlık bölümünde okudu.
Kariyerine,1999-2009 Tepecik Belediyesinde İmar ve Şehircilik biriminde başladı. 2009-2011 yılları arasında Büyükçekmece İmar Şehircilik Müdürlüğü yaptı. Mesut Üner, 10 yıl boyunca Muratbey Futbol Kulübünde ve 6 yıl da Çatalca Spor'da futbol oynadı. 3 dönem Muratbey Esin Ovacık İlköğretim Okulu Aile başkanlığını yürüttü.